Você pode obter esta mensagem de erro se você atribuir seu sinal de clock de entrada a um local dedicado do pino do clock e fazer uma atribuição de clock global (GCLK) para este clock.
Se o roteamento do pino do clock de entrada para o PLL não for dedicado e usar a rede GCLK, você precisará adicionar a função mega ALTCLKCTRL entre o pino do clock de entrada e o PLL em seu design para obter um ajuste bem-sucedido.
A mensagem de erro é esperada, uma vez que o uso de roteamento não dedicado de um pino de clock de entrada para um PLL não é recomendado. A razão é que isso pode introduzir nervosismo, e o TimeQuest não fornecerá um número preciso de atraso de compensação.
Este problema foi corrigido no software Intel® Quartus® versão 13.1