O motivo é por causa do modo de velocidade no MAX10. Basicamente, se você usar o Programador Quartus para programar o flash interno MAX10, ele não está passando pelo fluxo tradicional de ISP JTAG. No modo de velocidade, um arquivo auxiliar será primeiro carregado no MAX10 para ajudar a programar o flash interno, o que significa que os GPIOs seguirão o projeto de IP do assistente e levarão a queda baixa.
Em relação ao modo de velocidade, é o aprimoramento para melhorar o tempo geral de programação MAX10. Basicamente, ele configura um arquivo de ajuda em CRAM e lida com transferência/programação de dados. Como o MAX10 está no modo do usuário durante a programação interna de flash, os GPIOs não seguirão o modo ISP. Na verdade, os GPIOs devem ser de três estados durante o modo JTAG ISP.
O problema será corrigido no Quartus II 17.1.