Sim, se você instanciar o SignalTap em seu design Arria® 10 e configurar o dispositivo com o design que tem a instância SignalTap via modo AS, PS ou FPP, você poderá usar o SignalTap mesmo após o modo de segurança JTAG estar ligado.
NOte que a instrução LOCK/UNLOCK JTAG não seja suportada em Arria 10 dispositivos e, portanto, não é necessário usar o UNLOCK para usar o SignalTap em Arria 10 dispositivos.