Se você definir os pinos nãousados como "entradas tri-declarados" no software Quartus® II, conecte os pinos do PCB a VCCIO, GND ou um sinal estático para uma melhor imunidade de ruído.
Se você definir os pinos nãousados como "entradas tri-definidas com pull up fraco", você não precisa conectar o pino na placa. A puxo interno para VCCIO irá visibilização do pino e impedirá que ele flutuasse.