Sim, há um problema com a configuração da frequência do clock de entrada no ALTLVDS_RX e ALTLVDS_TX megafunções nas versões de software Quartus® II 10.1 e 10.1SP1
Se a taxa de dados for definida como um valor fracionado, a frequência de clock de entrada derivada mostrará apenas valores como um inteiro.
O relatório de resumo pll também não mostrará a frequência correta do clock de entrada.
Um patch está disponível para corrigir este problema para o software Quartus II versão 10.1. Baixe e instale o Patch 0.40 a partir do link apropriado abaixo.
Este problema é corrigido nas versões 11.0 e mais recentes do software Quartus II.