Se você migrar de uma versão do software Quartus® II para outra versão, os arquivos na pasta /db não serão atualizados se você realizar alterações nas configurações PLL na megafunção ALTPLL. Para que suas alterações afetem, você precisa excluir as pastas /db e /incremental_db no diretório do projeto e, em seguida, regenerar a megafunção ALTPLL para o seu design.
Você pode verificar se as alterações estão corretas olhando para o painel de uso do PLL no Relatório de compilação => Fitter => Seção de Recursos.