Sim, o comportamento do pino para alguns dos pinos de programação dedicados é definido incorretamente nos arquivos BSDL pré-configuração para dispositivos Stratix® IV GT gerada com o software Quartus® II versão 9.1.
Para executar o teste de varredura de limites antes da configuração para dispositivos IV GT Stratix, use os arquivos BSDL de pré-configuração disponíveis em http://www.altera.com/support/devices/bsdl/stratix-iv/stxiv-bsdl.jsp.
Este problema será corrigido na próxima versão do software Quartus II.