Ao usar o programador Quartus® II para apagar indiretamente um dispositivo de configuração serial usando JTAG e o carregador serial flash de modo aprimorado, o flash serial pode não ser completamente apagado. O carregador serial flash do modo aprimorado é selecionado por padrão no programador Quartus II.
Quando um arquivo JTAG Indirect Configuration (.jic) é atribuído ao dispositivo flash no programador Quartus II, apenas a região do flash que contém dados no arquivo .jic é apagada. Por exemplo, se um arquivo contendo apenas uma imagem de FPGA de 13,6 Mbits for usado em um dispositivo EPCS64, apenas os 13.6Mbits 13.6Mbits inferior serão apagados e os 50.4Mbits restantes serão deixados como está.