Devido a um problema conhecido nas Intel® Quartus® versões 18.0 e 18.1 do software Prime Standard e Lite Edition, a configuração de endianidade de RPD não é refletida corretamente no arquivo .cof. Ele sempre é padrão para endian pouco.
Como solução alternativa, use a alternativa de linha de comando "quartus_cpf". A sintaxe de criar um arquivo rpd com um arquivo *.cof salvo é a seguinte:
Execute o nome do arquivo quartus_cpf -c <cof>.cof <rpd>.rpd