Você pode ver abaixo mensagens ao tentar estabelecer a conexão através da porta JTAG e CSR no design quando você tiver vários arquivos .jdi no mesmo diretório:
GRAVE: java.lang.Exception: java.lang.RuntimeException:
com.altera.systemconsole.internal.plugin.jtag.oci.Nios2DebugException:
O alvo está quebrado e precisa ser redefinido durante a execução de "processor_stop
Remova um dos arquivos .jdi.