Sim, ao selecionar o modo PLL externo no PHY Megawizard™ nativo para dispositivos Arria® V GX e Stratix® V GX, a porta tx_pll_refclk permanece como uma porta utilizável nas versões do software Quartus® II 12.0 SP2 e anteriores.
No modo PLL externo, você deve usar apenas ext_pll_clk porta e deixar a porta tx_pll_refclk desconectada.
Este problema será corrigido em uma versão futura do Software Quartus II.