O software Quartus® II versão 8.1 e 9.0 gera incorretamente essas mensagens de erro quando o VCCA_L/R é definido como 2,5V para frequências de clock de referência de entrada de transceptor superiores a 637,5 MHz. Isso acontece mesmo se a taxa de dados da CMU PLL ou do CDR RX for menor ou igual a 4,25 Gbps.
Altera que você instale o Patch 0.13 para o software Quartus II versão 9.0 para corrigir este problema. Instale o patch adequado no link abaixo e compile seu projeto.
Para Windows (exe readme.txt):
Patch 0.13 para Quartus II 9.0 Windows.zip
Para Linux:
Patch 0.13 para Quartus II 9.0 Linux.tar
Patch 0.13 para Quartus II 9.0 Linux (readme.txt)
Este problema está programado para ser corrigido em uma versão futura do software Quartus II.