Um problema foi encontrado no programador Nios® II Flash nas versões 11.x que impede que os usuários salvem as configurações do projeto, a menos que o nome de arquivo de destino já exista.
Para resolver este problema, crie um arquivo em branco com o mesmo nome do projeto a ser salvo. A próxima tentativa de salvar o projeto deve ser bem-sucedida.
Este problema será corrigido em uma versão futura das ferramentas Nios II software build para Eclipse.