Devido a um problema na versão 15.0 do software Quartus® II update 1 e anterior, você pode ver que os clocks estão ausentes na lista de domínios de clock na seção Relatórios no Design Space Explorer II. Isso ocorre quando nomes de clock contêm caracteres especiais, como [ ] | como em generated_inst[3]|clk.
Esses clocks são analisados corretamente e estão apenas ausentes na lista de domínios de clock no relatório DSE II.
Para corrigir este problema, faça o download e instale o Patch 1.02 para o software Quartus II versão 15.0 update 1 do link abaixo.