Há um problema com qsys nas versões do software Quartus® II 11.x ao configurar o temporizador de intervalo como um cão de guarda. O sinal selecionado do chip não está conectado. Isso será corrigido em uma versão posterior do software Quartus II.
Como solução alternativa, edite o arquivo verilog de alto nível que o Qsys gera. Pesquise o componente watchdog. Desempate o sinal de entrada selecionado do chip com o temporizador de intervalo em um 1'b1.
timer_sys_timer_0 timer_0 (
.clk (clk_clk), // clk
.reset_n (~rst_controller_reset_out_reset), // reset_n
.address (timer_0_s1_agent_m0_address), // endereço
.writedata (timer_0_s1_agent_m0_writedata), // writedata
.readdata (timer_0_s1_agent_m0_readdata), // readdata
.chipselect (1'b1), // chipselect
.write_n (~timer_0_s1_agent_m0_write), // write_n
.resetrequest (), // resetrequest
.irq (timer_0_irq_irq) // irq
);