A diferença mais óbvia que impede a compatibilidade de pinos entre famílias é que Stratix GX oferece blocos de transceptor em um lado do dispositivo, enquanto Stratix não. Além disso, embora os bancos de IO da Stratix GX (além daqueles que contêm os blocos do transceptor) possuem funcionalidade semelhante à Stratix, os pinos nesses bancos também não são totalmente compatíveis. Problemas como routability e migração vertical dentro da família Stratix GX exigiram que os pinos fossem colocados em locais diferentes do que estavam na Stratix.
Para obter uma lista completa de diferenças entre dois dispositivos, você deve verificar os arquivos de pinout disponíveis dos dispositivos Stratix e Stratix GX em questão.