Devido a um problema no software Quartus® II, o fitter reporta que a seção De dois propósitos e pinos dedicados exibe incorretamente o uso como pino de programação para o pino nCEO. O thsi ocorre mesmo que você defina o pino nCEO para usar como E/S regular nas configurações de pinos de uso duplo na janela Opções de dispositivo e pino.
Isso é apenas um problema no relatório e o nCEO é definido corretamente de acordo com as configurações de opções de dispositivos e pinos.