Para resolver o problema, encontre o arquivo IP PLL Quartus II (.qip) e expanda totalmente os nomes da instância pll.
Por exemplo:
Altere as seguintes instruções em .qip a partir de:
set_instance_assignment -name PLL_COMPENSATION_MODE NORMAL -para "*cpui_serial_pll_0002*|altera_pll:altera_pll_i*|*"
set_instance_assignment -name PLL_AUTO_RESET OFF -para "*cpui_serial_pll_0002*|altera_pll:altera_pll_i*|*"
set_instance_assignment -name PLL_BANDWIDTH_PRESET HIGH -para "*cpui_serial_pll_0002*|altera_pll:altera_pll_i*|*"
Para:
set_instance_assignment -name PLL_COMPENSATION_MODE NORMAL -para "cpui_top:cpui_top|cpui_serial:sbus|cpui_serial_pll:rx_pll|cpui_serial_pll_0002:cpui_serial_pll_inst|altera_pll:altera_pll_i"
set_instance_assignment -name PLL_AUTO_RESET OFF -para "cpui_top:cpui_top|cpui_serial:sbus|cpui_serial_pll:rx_pll|cpui_serial_pll_0002:cpui_serial_pll_inst|altera_pll:altera_pll_i"
set_instance_assignment -name PLL_BANDWIDTH_PRESET HIGH -para "cpui_top:cpui_top|cpui_serial:sbus|cpui_serial_pll:rx_pll|cpui_serial_pll_0002:cpui_serial_pll_inst|altera_pll:altera_pll_i"
Este problema é corrigido a partir do software Quartus II versão 13.1.