Sim, devido a um problema conhecido no software Quartus® II versão 13.1, quando o programador faz uma análise em um dispositivo EPCQ pela primeira vez, os dados lidos a partir dele podem não ser como esperado.
Isso porque a primeira vez que um exame é realizado, o flash está ocupado escrevendo para o Registro de configuração não volátil (NVCR). Isso resulta que a primeira parte dos dados lidos está vazia, mas os dados restantes são lidos como esperado.
Na segunda vez que uma operação de análise é realizada, o programador é capaz de ler de volta o conteúdo correto do dispositivo EPCQ, pois o NVCR não está mais escrito.
Este problema é corrigido no software Quartus® II versão 14.0.