O utilitário sof2flash tem uma opção opcional --compress, que está documentado na Tabela 3-3 do guia do usuário Nios® II Flash: http://www.altera.com/literature/ug/ug_nios2_flash_programmer.pdf
No entanto, pode-se observar que esta opção não tem qualquer efeito no tamanho do arquivo .flash resultante.
A opção --compress atualmente não está funcional no utilitário sof2flash, e efetivamente o arquivo flash produzido é sempre de formato compactado.
Este problema será resolvido em uma versão futura da ferramenta sof2flash.