Devido a um problema no software Quartus® II versão 13.1, você pode ver este erro interno ao atribuir uma entrada (padrão de IO abaixo de 2,5V) e uma entrada LVDS LVDS habilitada para rescisão diferencial em um mesmo banco.
Para resolver este problema, defina a tensão padrão do VCCIO para banco como a tensão de IO de entrada.
Você pode fazer as alterações nas etapas abaixo.
1) Abra o Planejador de Pinos
2) Clique em Exibir > mostrar > mostrar bancos de E/S
3) Encontre as propriedades do Banco de E/S
4) Alterar o valor do VCCIO do banco de E/S
Este problema é corrigido começando com o software Quartus II versão 14.0