Como solução alternativa, você pode alternar o pino de habilitar PLL depois que o dispositivo estiver ligado. Isso limpará o PLL e forçará os atrasos de fase corretos. Uma vez que o PLL trava novamente, ele exibirá o atraso correto para todas as configurações.
Isso foi corrigido no software Quartus II versão 2.2 SP2.