Ao usar Altera_PLL_Reconfig, a lógica de tradução do contador lógico C para o contador físico C pode mapear incorretamente nas versões do software Quartus® II 13.1 e anteriores, fazendo com que o IP reconfigure o contador físico errado.
Desabilite a ADV_NETLIST_OPT_SYNTH_WYSIWYG_REMAP do seu projeto. As versões atuais do software Quartus II devem ter essa atribuição desativada para que os contadores de saída C seja atualizado dinamicamente. O IP está programado para ser aprimorado em uma versão futura do software Quartus II para permitir que você use a atribuição de ADV_NETLIST_OPT_SYNTH_WYSIWYG_REMAP e a reconfiguração dinâmica dos contadores de saída C.
Você pode consultar AN 661: implementação da reconfiguração de PLL fracionada com ALTERA_PLL e ALTERA_PLL_RECONFIG megafunções (PDF).