O arquivo de pinout criado pelo software Quartus® II versões 9.0 e 9.0 SP1 identifica incorretamente os pinos RREF como pinos GND em dispositivos Arria® II GX. Os pinos RREF conectam-se ao GND no PCB, mas através de resistores de precisão de 2 kohm, conforme especificado nas Diretrizes de conexão de pinos da família de dispositivos Arria II GX (PDF).
Este problema é corrigido a partir do software Quartus II versão 9.0 SP2.