Devido a um problema nas versões do software Quartus II 12.1 e anteriores, a Qsys pode congelar e gerar um arquivo .qsys vazio ao salvar o seu sistema Qsys. Esse problema pode ocorrer quando seu caminho inclui suportes quadrados, "[" ou "]".
Para resolver este problema, certifique-se de que seu caminho não inclua suportes quadrados.