Este problema pode ser visto quando você executa um ECO (Engineering Change Order) para projetos com regiões logicLock nas versões do software Quartus® II 9.1 SP2 ou anterior.
Para resolver este problema, desative todas as regiões do LogicLock antes de executar o ECO.
Se você precisar executar uma compilação completa do HDL, reativar as regiões do LogicLock.
Este problema é corrigido no software Quartus II versão 10.1 e posterior.