Após executar o pin_assignments.tcl e executar a compilação, você receberá um aviso abaixo:
Aviso (181009): pinos de E/S DQ alimentados pelo pino de E/S DQS "E/S pad mem_dqs[*]" atribuídos a diferentes padrões de E/S -- é recomendável que todos os pinos de E/S DQ alimentados pelo mesmo pino de E/S DQS têm o mesmo padrão de E/S
Isso porque as verificações de legalidade não entendem que os padrões de E/S diferenciais e de E/S single-ended são os mesmos.
Este problema foi corrigido na versão 13.0 Intel® Quartus® Software Prime.