Quando o Design Space Explorer (DSE) 2.0 é executado, ele arquiva seu projeto e executa o DSE 2.0 fora do arquivo. Devido a um problema no software Quartus® II versão 14.1, o DSE 2.0 não pega automaticamente todos os arquivos do projeto.
Para resolver este problema, arquive manualmente seu projeto e diga ao DSE 2.0 para usar este arquivo para sua compilação. Aqui estão as etapas:
1. Lance a GUI Quartus II e crie um arquivo *.qar por meio do item de menu Project->Archive Project. Clique em Configurações avançadas e selecione a opção "Arquivo de origem detectado automaticamente".
2. Abra o projeto no DSE 2.0, nas Configurações de arquivamento, selecione Usar o arquivo de design existente e defina o nome do arquivo quartus II (.qar): para o arquivo qar que foi criado anteriormente.
Este problema é corrigido a partir da versão 15.0 do software Quartus II.