Sim, você pode conectar GXB_REFCLK pinos não GXB_REFCLK diretamente ao GND em Cyclone® V GX. Isso está indicado nas diretrizes de conexão Cyclone® V. No entanto, um arquivo .pin gerado quartus® II para esta família indica que um pino de GXB_REFCLK não GXB_REFCLK deve ser conectado ao GXB_GND* (pulldown através de um resistor de 10K ohm).
Este é um bug no software Quartus® II e será corrigido em uma versão futura.