Devido a um problema no software Quartus® II versão 12.1sp1 e anterior, ao instauir um controlador SDRAM DDR3 com UniPHY, você pode obter uma violação de tempo de espera para altera_reserved_tck. O motivo desta violação é que o software Quartus II não reconhece a saída JTAG como um clock.
Para resolver essa violação, atribua o clock a uma rede de clock usando a seguinte atribuição de arquivo de configurações quartus (.qsf):
set_instance_assignment -name GLOBAL_SIGNAL "GLOBAL CLOCK" -to "altera_internal_jtag~TCKUTAP".
Este problema foi corrigido a partir do software Quartus II versão 13.0.