Devido a um problema no software Nios® II SBT versão 13.0, em QSYS com subsistema quando o usuário atribui "IRQ = 1" ao componente "Controlador genérico de três estados", o Nios® II SBT gerará um arquivo "system.h" com "#define < Generic Tri-State Controller Name>_IRQ -1" em vez do valor correspondente "1" como no QSYS.
Este problema deve-se a, quando uma interrupção é exportada de um subsistema QSYS através de uma ponte IRQ; o construtor BSP não atribui a interrupção corretamente em "system.h" e aparece em vez disso como "-1".
Para resolver este problema, o usuário pode precisar editar manualmente as IRQs incorretas no system.h para ser compatível com qSYS.
Este problema é corrigido a partir do software Quartus II versão 14.0.