Devido a um problema com o software Quartus® II versão 12.0 e posterior, este erro pode ocorrer, os arquivos de saída do software Quartus II estão definidos para um diretório diferente do local padrão. O local padrão é o mesmo local do projeto.
Para resolver este problema, copie o arquivo .jdi gerado do diretório de saída do projeto para o diretório onde o arquivo .qpf está localizado. Abra o kit de ferramentas de interface de memória externa e siga o procedimento normal para conectar seu design.
Este problema foi corrigido a partir do software Quartus II versão 12.1.