No Software Quartus® Prime Standard Edition, você pode ver este erro quando nenhum transceptor é usado no projeto, mas a seguinte entrada está no Arquivo de configuração do Quartus (.qsf):
set_global_assignment -name AUTO_RESERVE_CLKUSR_FOR_CALIBRATION OFF
Essa atribuição impede que o CLKUSR seja reservado automaticamente.
Para evitar esse erro, remova esta atribuição do .qsf