Você pode encontrar este erro no software Quartus® Prime Pro edition versão 17.0 update 2 e anterior ao compilar arquivos de design que foram criptografados usando o fluxo encrypt_1735.
O problema ocorre ao compilar um design em um sistema operacional Linux usando arquivos de design que foram encypted usando o fluxo encrypt_1735 no Windows.
Para resolver este problema, execute uma conversão dos2unix em cada um dos arquivos criptografados.
Este problema está programado para ser resolvido em uma futura versão do software Quartus Prime Pro.