Devido ao problema no Software Quartus® Prime, o modelo de simulação de IOPLL mostrará a borda do clock de saída alinhada à borda de queda do clock de referência, e não à borda crescente do clock de referência.
Esse não é o comportamento que você veria no silício. É um bug no modelo de simulação e não afeta o hardware. O TimeQuest analisará o tempo em relação à borda crescente do clock de referência.