Na versão Galileu do Eclipse, que é fornecida com Quartus® II versão 10.1sp1 e anteriormente, houve problemas relatados com a indexação dos arquivos C e C. Esses problemas podem ser resolvidos alterando o indexador para analisar completamente os arquivos de origem.
Em Eclipse, selecione Preferências de > janela e, na árvore de opções C/C, selecione Indexador. Na rebaixamento "Selecionar indexador", selecione a opção "Indexador C/C completo (parse completo)".
Este problema não existe mais com a versão 1 da versão do serviço Helios Eclipse que é fornecida com Quartus II versão 11.0 e posterior.