Sim, você pode alterar as configurações de PMA ALT2GXB (Vod, Pré-ênfase e Equalização) em uma das instâncias usando Editor de atribuição no software Quartus® II. Todos os canais dentro dessa instância específica são afetados por essa alteração.
Aqui está a maneira de alterar as configurações do PMA usando o Editor de Atribuição no Quartus II.
1) Encontre a instância ALT2GXB na janela Project Navigator.
2) Clique com o botão direito na instância, escolha Localizar no sub-menu e selecione Localizar na opção Localizar no editor de atribuição
O Editor de atribuição é aberto com o nome da instância selecionado na coluna Para. 
3) Atribua parâmetros ALT2GXB à coluna Nome de atribuição e configurações de PMA ALT2GXB à coluna Valor.
Os nomes e os valores de atribuição de PMA AL2GXB são fornecidos abaixo.
VOD_CTRL_SETTING: Esta atribuição especifica o sinal de controle de comutação de tensão de saída diferencial (VOD) para várias tensões diferenciais. Os valores são [6.0].
PREEMPHASIS_CTRL_1STPOSTTAP_SETTING: esta atribuição especifica o sinal de controle de pré-ênfase para o primeiro toque de postagem. Os valores são [12..0]
PREEMPHASIS_CTRL_PRETAP_SETTING: esta atribuição pecifica se o sinal de controle de pré-ênfase para a torneira de pré-gravação necessária está invertida. Os valores são [7.0]
PREEMPHASIS_CTRL_PRETAP_INV_SETTING: Esta atribuição especifica se a configuração do sinal de controle de pré-ênfase para a pré-gravação deve ser invertida. Os valores são "VERDADEIROs" e "FALSOS".
PREEMPHASIS_CTRL_2NDPOSTTAP_SETTING:esta atribuição especifica o sinal de controle de pré-ênfase para o segundo toque de postagem. Os valores são [7.0]
PREEMPHASIS_CTRL_2NDPOSTTAP_INV_SETTING: esta atribuição especifica se a configuração do sinal de controle de pré-ênfase para a segunda pós-gravação deve ser invertida. Os valores são "VERDADEIROs" e "FALSOS".
EQUALIZER_DCGAIN_SETTING: esta atribuição especifica a configuração de ganho de equalização. Os valores são [3..0].
EQUALIZER_CTRL_[]_SETTING: parâmetro [A,B,C,D,V]. Esta atribuição especifica a configuração correspondente de controle do equalizador. Os valores são [7..0].
Todos os canais desta instância são modificados por este método. Por exemplo, se você tiver um design com 2 canais por instância, ambos os canais serão alterados. Aqui está o editor de atribuição para duas instâncias de canal com 2 instâncias alterando VOD e 1ª pós-ênfase.
Para verificar a compilação, acesse as configurações do canal do transmissor GXB na seção de ajuste do relatório de compilação. Abaixo está a saída para a atribuição acima.
Se a atribuição Para estiver incorreta de alguma forma, as configurações acima corresponderão ao que foi inserido no mega-assistente, uma vez que esses parâmetros não foram alterados.
Se o seu valor de configuração não for legal, ele resulta em um erro de Ajuste Quartus II.
Consulte o manual Stratix® II GX, capítulo 4, DC e características de comutação (PDF) sobre os valores suportados das configurações vod e pré-ênfase.