Devido a uma limitação no software Quartus® II, o pedido de porta na sua netlist Verilog HDL de origem pode não ser mantido quando a saída verilog HDL netlist estiver escrita. Devido a essa limitação, se o seu testbench conectar as portas implicitamente, você poderá ver uma incompatibilidade entre a RTL e a simulação no nível do portão.
Para trabalhar em torno desta limitação, conecte as portas de alto nível explicitamente no seu testbench de HDL Verilog.
Essa limitação está programada para ser corrigida em uma versão futura do software Quartus II.