Se você definir o número de vias para 2 para o compilador IP para PCI Express, a frequência do clock do núcleo PCIe será mostrada como 12,5 MHz na guia Configurações do clock da GUI Qsys.
Para resolver este problema, você pode modificar a linha nº 1503 do pcie_parameters_validation.tcl (diretório de instalação \ip\altera\altera_pcie\altera_pcie_avmm)
De:
set_parameter_value core_clk_freq 125
Para:
set_parameter_value core_clk_freq 1250