Devido a um problema conhecido com as versões do software Quartus® II 11.0 SP1 e anteriores, a versão do PC das ferramentas não permite que as entradas STDIN seja obtidas a partir da janela gui do Console do sistema. Este problema não afeta a versão Linux da ferramenta.
Para resolver este problema, é possível abrir o Console do sistema em um modo de linha de comando interativo, usando os seguintes comandos:
cd %QUARTUS_ROOTDIR%\sopc_builder\bin
system-console -cli
Este problema está programado para ser corrigido em uma versão futura do software Quartus II.