As razões mais comuns para criar um script de linker personalizado são adicionar mapeamentos de seções de linker personalizadas ou regiões de memória adicionais. Ambas as funções estão disponíveis no editor de BSP Nios® II, disponível clicando com o botão direito no projeto BSP dentro de Eclipse, selecionando o editor de BSP Nios II -> e selecionando a guia "Linker Script".
Se o usuário exigir aspectos de um script de linker que não estejam disponíveis na gui, o script do linker gerado pela GUI BSP não poderá ser usado. Após criar manualmente o script do linker personalizado, salve este arquivo localmente no seu projeto de software e abra o Makefile para edição. Localize a linha Makefile que tem uma atribuição em branco para a variável "LINKER_SCRIPT" e complete a linha para apontar para o seu script personalizado. Após salvar o makefile, este script de linker será usado para futuras compilação do seu software.