No software Quartus® II versão 14.0, use o seguinte comando para atualizar um único IP:
quartus_sh –ip_upgrade –variation_files .
Para atualizar vários IPs ao mesmo tempo, use o seguinte comando:
quartus_sh –ip_upgrade –variation_files “.; .”
Isso é documentado no capítulo Manual quartus II atualizando núcleos IP[PDF]