Você receberá esta mensagem de erro nas versões do software Quartus® II 12.1 sp1 e anterior quando você colocar um pino de entrada de 2,5 V em um banco de E/S com 3,3V em dispositivos Cyclone® V.
Isso é um problema de software e não uma limitação do dispositivo.
Você pode atribuir o pino de entrada de 2,5V como um padrão de E/S de 3,3V para evitar o erro até que o software seja corrigido.
Isso está programado para ser corrigido em uma versão futura do software Quartus II.