Você pode ver este aviso na versão 12.1 do software Quartus® II para projetos que usam a megafunção Altera_PLL. A porta de phout é usada quando o fPLL é configurado como um TXPLL para os transceptores. Se você não habilitar esta porta na megafunção Altera_PLL em seu projeto, o aviso ainda pode ser gerado durante a compilação.
Você pode ignorar esse aviso com segurança. É gerado por engano.