Quartus® O II atribui incorretamente o padrão de E/S para o pino de refclk no Arria® II GX/GZ e Stratix® Dispositivos IV GX/GT para instâncias ALTGX, se você não atribuir manualmente o padrão de E/S refclk correto para a pll_inclk porta. Quartus II atribui automaticamente o padrão de E/S padrão geral definido pelo usuário no design. Isso leva a uma configuração incorreta do padrão de E/S de 2,5V para o pino REFCLK.
Atribua manualmente o padrão de IO de refclk correto para o pll_inclk pino.
Este problema será corrigido no futuro lançamento do Quartus II.