Sim, você pode afirmar o sinal nConfig diretamente após encerrar um processo de reconfiguração parcial.
No entanto, você deve garantir que você alterne PR_CLK para mais 20 ciclos de clock antes de afirmar nConfig, para limpar o PR_CONTROL_BLOCK e evitar o bloqueio.
Este requisito está documentado na seção De planejamento de projeto para reconfiguração parcial do guia do usuário Intel® Quartus® Prime Standard Edition.