Nas versões 12.1 e posteriores da Quartus® II, você pode usar a variável QSF UNFORCE_MERGE_PLL_OUTPUT_COUNTER para evitar que os contadores de saída PLL se fundim em dispositivos Stratix® V, Arria® V ou Cyclone® V.
Abaixo, um exemplo da atribuição que está sendo feita em um contador de saída PLL:
set_instance_assignment -name UNFORCE_MERGE_PLL_OUTPUT_COUNTER ON -para "mypll:inst|mypll_0002:mypll_inst|altera_pll:altera_pll_i*"