Sim, há um problema com a migração de dispositivos em dispositivos Cyclone® IV ao implementar a interface DDR SDRAM ou DDR2 SDRAM com controlador baseado em ALTMEMPHY.
Atribuir o pino mem_clk[0] no mesmo grupo de blocos de linha ou coluna, pois os pinos DQ não são permitidos em dispositivos Cyclone IV. Se você tiver ligado a migração de dispositivos, o software Quartus® II verifica apenas as regras de pin-out em relação à interface de mem_clk de memória para o dispositivo principal e não verificará se o dispositivo de migração está selecionado no software. Portanto, você pode estar descumprindo esta regra para dispositivo de migração, mas o software Quartus II não relatará isso.
Mais informações sobre esta regra de pin-out são fornecidas no Manual da Interface de Memória Externa Volume 2, Seção I de Dispositivo e Planejamento de Pinos (PDF)
Como solução alternativa, compile o design do dispositivo principal e do dispositivo de migração separadamente para verificar a verificação da regra de pin-out para ambos os dispositivos.
O problema está presente no software Quartus II versão 10.1SP1 e anterior. O problema será corrigido na versão futura do software.