A "Configuração através do PCIe® Recurso Link (CvP)" não está disponível no Quartus® II versão 11.1 ainda. Se você ligar a opção no PCIe MegaWizard™ janela para Stratix® V, as RTLs incompletas são geradas e faz com que o sinal "fixedclk_locked" seja amarrado baixo.
Para evitar esse problema, você deve desativar o parâmetro "Habilitar configuração através do PCIe Link" na janela PCIe MegaWizard. Este problema será corrigido na versão futura.