No software Quartus® II, se o Analisador lógico SignalTap™ II estiver habilitado, as informações do SignalTap II são adicionadas ao Arquivo de configurações Quartus II (.qsf). Os processos de compilação, como Análise & Síntese e o Fitter, lêem o arquivo .qsf, não o arquivo SignalTap II (.stp).